La chimica organica è fondamentale per comprendere le strutture e le proprietà delle molecole biologiche.
Gli idrocarburi aromatici sono composti ciclici caratterizzati da un sistema di elettroni delocalizzati che conferisce particolare stabilità alla molecola. Il benzene rappresenta il capostipite di questa famiglia ed è caratterizzato da una struttura esagonale planare con angoli di 120° tra i legami. L'ibridazione sp2 degli atomi di carbonio nel benzene determina la formazione di orbitali p perpendicolari al piano dell'anello che si sovrappongono, creando un sistema π delocalizzato sopra e sotto il piano molecolare.
L'isomeria è un concetto fondamentale che descrive come molecole con la stessa formula molecolare possano avere strutture diverse. Esistono diversi tipi di isomeria: l'isomeria di struttura comprende l'isomeria di catena (diversa disposizione degli atomi di carbonio) e l'isomeria di posizione (diversa posizione dei sostituenti). L'isomeria geometrica o isomeria cis-trans si verifica invece quando è presente un doppio legame o un ciclo che impedisce la libera rotazione, portando a isomeri con diversa disposizione spaziale dei gruppi. Nel caso degli idrocarburi aromatici, la nomenclatura segue regole precise stabilite dalla IUPAC, che prevedono l'utilizzo di prefissi e suffissi specifici per identificare i sostituenti e la loro posizione sull'anello benzenico. La comprensione di questi concetti è essenziale per lo studio della chimica organica e delle biomolecole.
L'ibridazione del carbonio è un concetto chiave che spiega la geometria delle molecole organiche. L'ibridazione sp3 caratterizza il carbonio con quattro legami singoli e geometria tetraedrica, l'ibridazione sp2 si trova nel carbonio con un doppio legame e geometria trigonale planare, mentre l'ibridazione sp è tipica del carbonio con un triplo legame e geometria lineare. Questi diversi stati di ibridazione determinano le proprietà chimiche e fisiche delle molecole organiche.