I virus possono seguire due diversi percorsi di infezione: il ciclo litico e il ciclo lisogeno.
Il ciclo litico virus rappresenta il processo più diretto e distruttivo. Durante questo ciclo, il virus si attacca alla cellula ospite, inietta il suo materiale genetico e prende il controllo del metabolismo cellulare. La cellula viene quindi trasformata in una "fabbrica" di nuovi virus, producendo centinaia di copie virali fino a quando non scoppia (lisi), rilasciando i nuovi virus nell'ambiente. Il ciclo litico di un batteriofago segue esattamente questo schema quando infetta i batteri.
Nel ciclo lisogeno, invece, il virus adotta un approccio più subdolo. Dopo essere entrato nella cellula, il DNA virale si integra nel genoma dell'ospite, diventando parte del suo patrimonio genetico. In questa fase, chiamata profago, il virus rimane dormiente e si replica insieme al DNA della cellula ospite senza causarne la morte immediata. Il ciclo litico e lisogeno dei virus possono alternarsi: in determinate condizioni ambientali o di stress, il virus in fase lisogena può "risvegliarsi" e attivare il ciclo litico. Le principali ciclo litico e lisogeno differenze riguardano quindi la sopravvivenza della cellula ospite e la tempistica dell'infezione. Mentre nel ciclo litico la morte cellulare è immediata, nel ciclo lisogeno spiegazione semplice vediamo che il virus può rimanere latente per molto tempo prima di attivarsi. Questa strategia permette al virus di sopravvivere più a lungo e di diffondersi in modo più efficace nella popolazione ospite.